Lembaga Non Struktural diklasifikasikan berdasarkan beberapa indikator sebagai berikut:
1. Peraturan perundang-undangan yang mengamanatkan pembentukannya
a. LNS yang Dibentuk Berdasarkan Undang-Undang
b. LNS yang Dibentuk Berdasarkan Peraturan Pemerintah
c. LNS yang Dibentuk Berdasarkan Peraturan Presiden
d. LNS yang Dibentuk Berdasarkan Keputusan Presiden
2. Urusan pemerintahan yang berkaitan
3. Pendanaan
a. Klasifikasi LNS Berdasarkan Pendanaan DIPA Sendiri
b. Klasifikasi LNS Berdasarkan Pendanaan DIPA Menempel pada Kementerian/Lembaga
c. Klasifikasi LNS di Daerah dengan Pembebanan Anggaran APBD